Recoltarea trebuie făcută înainte de a începe un tratament antibiotic. Proba se recoltează după 5 zile de la ultima doză de antibiotic pentru a monitoriza eficiența tratamentului antibiotic.

Recoltarea materiilor fecale are loc într-un mediu de transport numit Cary-Blair. Aceste recipiente speciale se numesc coprorecoltoare sau recipiente cu gel.
Proba obținută spontan este utilizată pentru recoltare.

Se alege o porțiune representativă (care poate avea striuri de sange, mucozitati sau consistenta mai moale) și se ia o lingurita de coprorecoltor.

Pentru a menține viabilitatea microbilor până la prelucrarea probei, materiile fecale recoltate astfel se introduc în mediul de transport continut de coprorecoltor .

Proba se păstrează la temperatura camerei dacă nu se poate asigura transportul imediat la laborator.